Může být virová, bakteriální nebo parazitická
Gastroenteritida je zánět trávicího systému způsobený virem, bakteriemi nebo parazity.
Virová gastroenteritida je nejčastější a představuje více než dvě třetiny případů a může být způsobena několika viry. Mezi nimi jsou nejběžnější noroviry.
Gastroenteritida může být také spojena s kolonizací střevní výstelky bakteriemi. Jedná se hlavně o salmonely a stafylokoky.
Parazitická gastroenteritida se naproti tomu vyskytuje hlavně v tropických zemích.